《家蠶未受精卵表達(dá)序列標(biāo)簽EST分析》由會員上傳分享，免費(fèi)在線閱讀，更多相關(guān)內(nèi)容在學(xué)術(shù)論文-天天文庫。

1、西南農(nóng)業(yè)大學(xué)碩士學(xué)位論文家蠶未受精卵表達(dá)序列標(biāo)簽（EST）分析姓名：邱詠梅申請學(xué)位級別：碩士專業(yè)：特種經(jīng)濟(jì)動物飼養(yǎng)指導(dǎo)教師：夏慶友2003.6.1摘要家蠶是絲綢業(yè)的生物基礎(chǔ)。通過EST測序從分子水平上獲得大量數(shù)據(jù)，可為家蠶基因組結(jié)構(gòu)和絕大部分基因提供信息，為進(jìn)一步進(jìn)行家蠶功能基因的研究奠定基礎(chǔ)。．家蠶的EST數(shù)據(jù)的收集在新基因的發(fā)現(xiàn)、基因敲除的1i}】f究和基因苓片的制備以，。j及發(fā)育分析等方面具有重大的價(jià)值?！秈改家蠶腎矗老卵和正常形卵的未受精卵弓／為材料建立了cDNA文庫，這些未受精卵的細(xì)胞中含有大量的早期胚胎發(fā)育所必需的信息。f+f母性基因是指這些未受精

2、艘中所含有的大量影響后代發(fā)育的一類基因，這些基因在卵子發(fā)生過程中表達(dá)，在卵子發(fā)生過程或胚胎發(fā)育過程中翻譯。母性基因在胚胎的早期發(fā)育階段起著至關(guān)重要的作用，主要功能是決定軸的分化、卵裂方式的形成和形態(tài)的發(fā)生。在昆蟲的早期發(fā)育中，胚胎的前后軸和背腹軸分別獨(dú)立地由母性基因產(chǎn)物決定。這些母性基因主要編碼轉(zhuǎn)錄因子或調(diào)控蛋白，它們的產(chǎn)物通常形成一定的濃度梯度并產(chǎn)生特異的位置信息，以進(jìn)一步激活一系列合子基因的表達(dá)。隨著這些基因的表達(dá)，胚胎被分成不同的區(qū)域。每個(gè)區(qū)域表達(dá)特異性基因的組合，沿前后軸或背腹軸形成一定的體節(jié)模式。未受精卵中的mRNA及蛋白質(zhì)均屬于母性基因產(chǎn)物。L一，

3、，，“，t、莩、．歹一專陲驗(yàn)，先將獲得的原始數(shù)據(jù)屏蔽載體序列，然后再去除低質(zhì)量和小于l。0bp的小片段。f這些EST序列再采用ClustalW軟件進(jìn)行拼接。將獲得的EST序列的六個(gè)～閱讀框用BLASTX軟件與GeneBank中1，230．998條非冗余的蛋白質(zhì)序列數(shù)據(jù)庫進(jìn)行比對，用BLASTN軟件與GeneBank中1，453，916條核苷酸序列數(shù)據(jù)庫進(jìn)行比對，尋找具有相似性的蛋白質(zhì)和核營酸序列。對只知氨基酸序列但功能未知的基因，運(yùn)用SMART軟件分析其結(jié)構(gòu)域，從而推測所獲得的表達(dá)序列標(biāo)簽可能的性質(zhì)和功能。另外這些數(shù)據(jù)還與家蠶EST數(shù)據(jù)庫SILKBASEhtt

4、p：／／www．a(chǎn)b．a(chǎn)．u·tokyo．a(chǎn)c．jp／silkbasel中的28個(gè)cDNA文庫的EST序列進(jìn)行比對。對于己知基岡則進(jìn)入http：／／www．geneontology．org網(wǎng)址進(jìn)行基因功能分類。．j一一，、。if

5、一，毒塞驗(yàn)疆終殘葫獲褥391條EST棗碉，平均讀妖659bp。f鬻c[usterW斃較分褥厲拼接得到374個(gè)非照復(fù)序列，其中援犬的由4條EST組成，罐疑的為l958bp。374條非重熨序列中15條是coBtig，118條singletons是正常型來受精卵中的EST序列，其余24I條是腎照形束受精費(fèi)文瘁中豹。通過犬援模韻EST測癢和分

6、析，獲褥了大量功能基因的信息。經(jīng)生物信息學(xué)分析發(fā)現(xiàn)，171個(gè)與融朔基因爨鴦較毒躲相{娃性(已知基因)，25個(gè)與已知序列具有較高的相似性(新基因)，其余178個(gè)為低度穩(wěn)镢或攬有相{

7、；}經(jīng)豹痔列(未知鏊函)。來受精舞文庫提供了大量韻母性基困靛信惠，奪巨驗(yàn)共獲得3個(gè)與已知的母性基因高度相似的EST序列；；分另唾是BmVLG、capu積8nnexinb13。莢余剝點(diǎn)要燕一些與I)NA復(fù)制，熊量代謝，信號傳礤以及胚胎發(fā)商中個(gè)體形成等相關(guān)的基因相似的序列。這些有嗣豹信惠為母性基因功能的研究提供了序列信息，為進(jìn)一步研究家蠶胚胎早期發(fā)商的調(diào)控提供基礎(chǔ)數(shù)據(jù)，同時(shí)還對家蠢功能基

8、因綴的獗究具有蕊要攙動癢肌。每j)一～‘’蟄關(guān)鍵詞：家蠶表達(dá)序列標(biāo)艇≮EST)4束受糟卵母性基因～～一～J一一?一UABSTRACTSiikworm(Bombyxmori)isabasicbiologicunitofthesericulture，EST(expressedsequencetag)sequencingcanobtaindetailedinformationconcernedonmolecularlevelandsupplythesilkworm’sgenomicstructureandtheinformationofmostgenes．Itisa

9、significantcasestudyvaluableforthefurtherachievement．Thecollectionsofsilkworm’sESTdatabasehavegreatcontributionindiscoveryofnewgene．sandstudyofgeneskickoffandpreparationofgenechip．ThisstudyconstructedcDNAlibrariesfromthesilkworm’skidneyandnormalunfertilizedeggs，thesecellsofunfertili

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